La Universidad Autónoma "Benito Juárez" de Oaxaca, tiene su formación en el año 1950, cuando en la reunión de Asociación de Universidades, celebrada en la Ciudad de Tabasco, durante la ponencia del Instituto de Ciencias y Artes de Oaxaca es aprobado el cambio, esto se hace de manera pública durante el año 1951 por el poeta Gabriel López Chiñas a través del periódico “El Universal” y se oficializa el 17 de enero del año 1955 con la firma del decreto 131 por el gobernador en turno Gral. Manuel Cabrera Carrasquedo, donde se autoriza la transformación del Instituto de Ciencias y Artes del Estado en Universidad “Benito Juárez” de Oaxaca, denominada de este modo al ser consagrada al Benemérito de las Américas Lic. Benito Juárez García rector supremo de la Universidad; considerada Autónoma en el mes de agosto de 1971, con el Rector Mario Pérez Ramírez.

En el caso de las preparatorias de la UABJO, su historia comienza con el Instituto de Ciencias y Artes del Estado el cual albergaba el Bachillerato General ubicado en el Edificio Central de la calle de Independencia y Macedonio Alcalá, en donde estaba conglomerado dicho bachillerato, con otros estudios como contador público, abogado, taquígrafo secretario y taquígrafo en inglés, secretario y algunas materias de medicina, contaba con servicio médico y oficinas generales.

Las primeras instalaciones de la Preparatoria General fuera del edificio central, fueron inauguradas el 23 de mayo de 1958 con turno matutino, y en 1964 se funda la Escuela Preparatoria Nocturna con el propósito de brindar oportunidades a quienes trabajaban y aspiraban a una carrera universitaria. Finalmente, el 3 de octubre de 1973 las escuelas preparatorias de la UABJO cambiaron de nombre y se denominaron Escuela Preparatoria no.1 y Escuela Preparatoria no. 2, durante la administración del primer Rector Electo de la UABJO Dr. Rubén Vasconcelos.

De acuerdo a la creciente demanda y necesidades de la población se formaron las demás preparatorias comenzando con la foráneas Escuela Preparatoria no. 3 en Huajuapan de León y Escuela Preparatoria no. 4 en Santo Domingo Tehuantepec, en el estado de Oaxaca la Escuela Preparatoria no. 5 y 6.

La Escuela Preparatoria no. 7 fue creada en el año 1980 y oficialmente registrada en el año 1982 como Escuela para Trabajadores con turno vespertino para tal efecto, funcionando en las aulas de la Escuela de Veterinaria y Zootecnia, Ciencias Químicas y Escuela Preparatoria no 5.

En 1973 la Escuela de Comercio y Administración es trasladada a lo que se conoce como Ciudad Universitaria, quedando el edificio de la Plazuela Labastida para la carrera de Contador Privado y en 1980 se convierte en el Bachillerato Especializado En Contaduría y Administración e Informática (BECA).

La Escuela de Bellas Artes con sus instructorías en música y artes plásticas y considerada como parte de media superior, tiene sus orígenes en el año 1950 cuando el gobernador Lic. Eduardo Vasconcelos destina el edificio reconstruido y restaurado de la plazuela de la danza como Escuela Oaxaqueña de Bellas Artes.

El Centro de Educación, Continua, Abierta y a Distancia crea el 15 de febrero de 2013, y es aprobado por el H. Consejo Universitario el Plan y Programa de estudios del Bachillerato Abierto y reconocido por la Dirección General de Profesiones de la Secretaria de Educación Pública como una alternativa para aquellos adultos y jóvenes que por diversas circunstancias no puedan estudiar en la modalidad presencial o aquellos que interrumpieron sus estudios en alguna preparatoria de la UABJO.