La Escuelas Preparatorias de la UABJO cuentan con un Plan de Estudios con enfoque en Competencias,  dividdo en 6 semestres que dura  (3 años).

Perfil del egresado:
El perfil del egresado del Bachillerato de la Universidad Autónoma “Benito Juárez” de Oaxaca, toma su soporte de la misión y visión institucional de la Dirección General de Educación Media Superior DGEMS, además de las competencias establecidas por la Reforma Integral de Educación Media Superior RIEMS, desarrollando en cada individuo la formación humanista, científica, experimental, el compromiso social y sobre todo las competencias que satisfagan sus necesidades en la vida laboral y social, para que el estudiante atienda los requerimientos de ingreso a estudios de nivel superior.